Jepun amat berjaya bagi mencapai matlamat awal perangnya, termasuk melumpuhkan Filipina, menawan Malaya dan Singapura, dan mengawal kawasan sumber penting di pulau Jawa, Borneo, dan pulau lain di Indonesia (ketika itu Indies Belanda Timur (Dutch East Indies). Dengan itu, perancangan awal bagi fasa kedua bermula sejak awal Januari 1942. Bagaimanapun, disebabkan kerana perbezaan strategi antara Tentera Imperial Jepun dan Tentera laut Imperial Jepun, dan juga pertelingkahan dalaman antara Ibu Pejabat Jeneral Imperial tentera laut dan Armada Gabungan Laksamana Yamamoto, pembentukan strategi efektif tergangu, dan strategi berikut tidak dilengkapkan sehingga April 1942.[6] Laksamana Yamamoto berjaya memenangi pergelutan birokrat bagi meletakkan konsep operasinya — operasi lanjut di Pasifik Tengah — terkehadapan dengan rancangan saingan yang lain. Ini termasuk operasi samaada secara langsung atau tidak langsung disasarkan kepada Australia, dan juga Lautan India. Pada akhirnya, ancaman hampir tidak tersembunyi Yamamoto untuk berhenti kecuali mengikut caranya berjaya mendapatkan agendanya kehadapan.[7]

Matlamat strategik utama Yamamoto adalah penyingkiran pasukan kapal induk Amerika Syarikat. Matlamat ini dipertingkatkan oleh Serangan Doolittle terhadap Tokyo (18 April 1942) oleh Tentera Udara Tentera Amerika Syarikat (United States Army Air Forces - USAAF) B-25s dilancarkan dari kapal induk Hornet. Serangan tersebut, secara ketenteraan tidak penting, merupakan operasi was a severe psychological shock kepada pihak Jepun, dan membuktikan kewujudan bukaan pada pertahanan mengelilingi kepulauan induk Jepun.[8] Menengelamkan kapal induk Amerika dan menawan Midway, satu-satunya pulau strategik selain Hawaii di Timur Pasifik, dilihat sebagai satu-satunya cara menghapuskan ancaman ini. Yamamoto memutuskan bahawa operasi terhadap pengkalan kapal induk di Pearl Harbor akan memaksa pasukan Amerika Syarikat untuk berjuang. Bagaimanapun, memandangkan kekuatan kuasa udara Amerika berpengkalan di darat di Hawaii, dia merasakan bahawa pengkalan Amerika yang kuat itu tidak dapat diserang secara langsung.[9] Sebaliknya, dia memilih kepulauan cecincin Midway, dihujung barat laut rantaian Kepulauan Hawaii, hampir 1300 batu (2100 km) dari Oahu. Midway itu sendiri tidak begitu penting dalam skim besar matlamat Jepun; bagaimanapun; pihak Jepun merasakan bahawa Amerika akan menganggap Midway sebagai pos luar penting bagi Pearl Harbor dan dengan itu akan mempertahankannya dengan kuat.[10] (Kepentingannya dalam pertempuran kapal selam tidak sepatutnya dilupakan.)

Rancangan

Sudah menjadi kebiasaan bagi rancangan tentera laut Jepun semasa Perang Dunia II, terutama rancangan pertempuran Laksamana Isoroku Yamamoto, agak rumit.[11] Tambahan lagi, rancangannya diramalkan berasaskan maklumat risikan optimistik yang menjangka bahawa Enterprise dan Hornet, membentuk Pasukan Tugas 16, merupakan kapal induk yang tinggal bagi pasukan Pasifik Amerika Syarikat pada masa itu. Lexington telah ditenggelamkan dan Yorktown mengalami kerosakan teruk dan dipercayai ditenggelamkan dalam pertempuran Laut Karang (Battle of the Coral Sea) hanya sebulan lalu. Sama juga, pihak Jepun menyedari bahawa Saratoga sedang menjalani baik-pulih di Pantai Barat selepas mengalami kerosakan torpedo dari kapal selam. Dengan itu, pihak Jepun percaya bahawa mereka berhadapan dengan dua Armada kapal induk pada titik pertembungan.

Pertempuran penentu Yamamoto

Lebih penting lagi adalah kepercayaan Yamamoto bahawa moral pihak Amerika telah menurun akibat sering kalah dalam enam bulan sebelumnya. Yamamoto merasakan penipuan diperlukan bagi menarik Armada U.S. pada keadaan yang membawa penentu.[12] Untuk mencapai ini, dia menyelerakkan pasukannya agar kekuatannya (terutama kapal tempurnya tidak mungkin disedari oleh pihak Amerika sebelum pertempuran. Malangnya bagi pihak Jepun, penekanan mereka terhadap halimunan dan penyelerakkan bererti tidak ada formasi mereka yang saling menyokong. Lebih kritikal lagi kumpulan utama kapal tempur dan kruiser sokongan Yamamoto akan mengekori pasukan penyerang kapal induk Laksamana-Muda Chuichi Nagumo sejauh beberapa ratus batu. Pasukan permukaan berat Jepun bertujuan bagi memusnahkan mana-mana bahagian Armada U.S. yang mungkin datang bagi membantu Midway, apabila kapal induk Nagumo telah cukup melemahkan mereka untuk membolehkan pertempuran meriam pada waktu siang.[13] Bagaimanapun, jarak mereka dari kapal induk Nagumo mempunyai implikasi malang semasa pertempuran, disebabkan kebanyakan kapal tempur mampu memberikan perlindungan anti-kapal terbang yang bernilai dan bukannya disimpan bagi pertempuran laut yang tidak berlaku. Tambahan lagi, kapal tempur ini diiringi oleh kruiser, yang memiliki kapal terbang peninjau yang amat bernilai bagi Nagumo.[14]

Pengumpanan Aleut

Begitu juga, operasi Jepun mensasarkan Kepulauan Aleut (Operasi AL) mengalih lebih banyak kapal daripada pasukan yang akan menyerang Midway. Bagaimanapun, sebelum ini pakar sejarah pertempuran ini sering menganggap bahawa operasi Aleut sebagai satu pengumpanan bagi menarik pasukan Amerika kearah utara, penyelidikan pertempuran ini kini menunjukkan Operasi AL bukannya sebegitu. Malah, menurut pelan pertempuran asal Jepun, AL dirancang untuk dilancarkan serentak dengan MI itu sendiri.[15] Bagaimanapun, kelewatan 1-hari pelayaran pasukan petugas Nagumo memberi kesan memulakan Operasi AL sehari sebelum sejawatnya.[16] Walaubagaimanapun, Operasi AL merupakan salah pengiraan penggunaan aset penyerangan yang boleh digunakan dengan lebih baik di Pasifik tengah.

Pasukan tentera